分子蒸餾技術作為一種與同步的高新分離技術，具有其它分離技術*的優點:
1、操作溫度低(遠低于沸點)、真空度高(空載≤1Pa)、受熱時間短(以秒計)、分離效率高等，特別適宜于高沸點、熱敏性、易氧化物質的分離;
2、可有效地脫除低分子物質(脫臭)、重分子物質(脫色)及脫除混合物中雜質;
3、其分離過程為物理分離過程，可很好地保護被分離物質不被污染，特別是可保持天然提取物的原來品質;
4 、分離程度高，高于傳統蒸餾及普通的薄膜蒸發器。

物料從短程分子蒸餾儀的頂部加入，經轉子上的料液分布器將其連續均勻地分布在加熱面上，隨即刮膜器將料液刮成一層極薄、呈湍流狀的液膜，并以螺旋狀向下推進。在此過程中，從加熱面上逸出的輕分子，經過短的路線和幾乎未經碰撞就到內置冷凝器上冷凝成液，并沿冷凝器管流下，通過位于底部的出料管排出；殘液即重分子在加熱區下的圓形通道中收集，再通過側面的出料管中流出。